Обычно MySQL ставится в каталог c:\mysql. Если вы устанавливаете в другой каталог, то, чтобы MySQL нашел свои файлы, после установки скопируйте файл mysql\my-small.cnf в c:\my.cnf и исправьте в нем каталог установки, например basedir = d:/program files/mysql/
datadir = d:/program files/mysql/data/
Для начальной настройки MySQL можно также использовать программу WinMysqlAdmin.exe, которую вы найдете в каталоге mysql\bin. Эта программа автоматически создаст файл \windows\my.ini (альтернатива my.cnf), укажет там пути к MySQL, а также имя и пароль для доступа к базе (спросит у вас, какие назначить).